由于圆环病毒能破坏猪体的免疫系统，造成免疫抑制，引起继发性免疫缺陷，因而本病常与蓝耳病、细小病毒、伪狂犬、及猪副嗜血杆菌、气喘病、胸膜肺炎、巴氏杆菌和链球菌等混合感染或继发。猪圆环病毒病是以免疫抑制为主要特征的一类病毒性传染病，临床表现较为复杂。圆环病毒对免疫器官有严重的侵害性，可导致机体免疫系统免疫的高度抑制。圆环病毒的代表性疾病有猪断奶后多系统衰竭综合症、母猪繁殖障碍、断奶猪和育肥猪呼吸道疾病、猪皮炎肾病综合症、猪腹泻综合征以及仔猪的中枢系统疾病。感染猪圆环病毒的断奶仔猪主要表现为腹泻、皮肤发黄、腹部存在出血斑、消瘦以及腹股沟的淋巴结增大，仔猪的皮肤出现红色丘疹。猪圆环病毒是由于PCV-Ⅱ引发的仔猪断奶之后的多系统性衰竭以及以皮炎肾病为主要特征的传染病。主要的病理变化为患猪消瘦，贫血，皮肤苍白，黄疸（疑似PMWS的猪有20%出现）；淋巴结异常肿胀，内脏和外周淋巴结肿大到正常体积的3～4倍，切面为均匀的白色；肺部有灰褐色炎症和肿胀，呈弥漫性病变，比重增加，坚硬似橡皮样；肝脏发暗，呈浅黄到橘黄色外观，萎缩，肝小叶间结缔组织增生；肾脏水肿（有的可达正常的5倍），苍白，被膜下有坏死灶；脾脏轻度肿大，质地如肉；胰、小肠和结肠也常有肿大及坏死病。