病变多局限于鼻腔和邻近组织。病的早期可见鼻黏膜及额窦有充血和水肿，有多量黏液性、脓性甚至干酪性渗出物蓄积。
病变多局限于鼻腔和邻近组织。病的早期可见鼻黏膜及额窦有充血和水肿，有多量黏液性、脓性甚至干酪性渗出物蓄积。病进一步发展，最特征的病变是鼻腔的软骨和鼻甲骨的软化和萎缩，大多数病例，最常见的是下鼻甲骨的下卷曲受损害，鼻甲骨上下卷曲及鼻中隔失去原有的形状，弯曲或萎缩。鼻甲骨严重萎缩时，使腔隙增大，上下鼻道的界限消失，鼻甲骨结构完全消失，常形成空洞。
猪传染性萎缩性鼻炎的病理变化仅限于病死猪只的鼻腔和邻近周围组织，其典型病理变化是鼻腔软骨组织和骨组织的软化及萎缩，其主要病理变化是鼻甲骨出现萎缩，特别是鼻甲骨的下卷曲最为常见，严重者可完全消失，鼻中隔出现弯曲或消失、鼻腔变成鼻道。
病变限于鼻腔和邻近组织，最有特征的变化是鼻腔的软骨和骨组织的软化和萎缩，主要是鼻甲骨萎缩，特别是鼻甲骨的下卷曲最为常见。进行病理解剖诊断时，可沿两侧第一、第二臼齿问的联线锯成横断面，然后观察鼻甲骨的形状和变化。正常的鼻甲骨分成上下两个卷曲，整个鼻腔被上下卷曲占据，上鼻道比下鼻道稍大，鼻中隔正直。当鼻甲骨萎缩时，卷曲变小而钝直，甚至消失，使鼻腔变成一个鼻道，鼻中隔弯曲，鼻黏膜常有黏液性或干酪样分泌物。
病变仅限于鼻腔的临近组织，最特征的变化是鼻腔的软骨和骨组织的软化和萎缩。鼻黏膜常有黏脓性或干酪样分泌物。
鼻粘膜有充血或明显的水肿，有多量粘液性，脓性。鼻腔软骨和鼻甲骨软化和萎缩，鼻甲骨严重萎缩时，甲骨完全消失，最后形成空洞。
从眼角不断流泪。由于泪水与尘土沾积，常在眼眶下部的皮肤上，出现一个半月形的泪痕湿润区，呈褐色或黑色斑痕，故有黑斑眼之称，这是具有特征性的。
对发病死亡的一头瘦弱猪进行剖检，前鼻窦黏膜发炎，窦腔内积有黏液，鼻腔周围骨骼变疏松，在鼻部横切面，可见鼻甲骨腹部卷曲，轻度变形。
最特征的病变是鼻腔的软骨和鼻甲骨的软化和萎缩，大多数病例，最常见的是下鼻甲骨的下卷曲受损害，鼻甲骨上下卷曲及鼻中隔失去原有的形状，弯曲或萎缩。鼻甲骨严重萎缩时，使腔隙增大，上下鼻道的界限消失，鼻甲骨结构完全消失，常形成空洞。
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