猪传染性萎缩性鼻炎的病变主要局限于鼻腔和邻近组织。早期可见鼻黏膜及额窦充血和水肿，有多量黏液性、脓性甚至干酪性渗出物蓄积。最特征性的变化是鼻腔软骨和骨组织的软化和萎缩，特别是鼻甲骨的下卷曲最为常见，严重时鼻甲骨结构完全消失，形成空洞。
进行病理解剖时，可沿两侧第一、第二臼齿间的联线锯成横断面观察鼻甲骨的形状和变化。正常情况下，鼻甲骨分成上下两个卷曲，整个鼻腔被上下卷曲占据，上鼻道比下鼻道稍大，鼻中隔正直。鼻甲骨萎缩时，卷曲变小而钝直，甚至消失，使鼻腔变成一鼻道，鼻中隔弯曲，鼻黏膜常有黏脓性或干酪样分泌物。
病变进一步发展，鼻甲骨严重萎缩使腔隙增大，上下鼻道的界限消失，鼻甲骨结构完全消失，形成空洞。从眼角不断流泪，由于泪水与尘土沾积，常在眼眶下部的皮肤上出现一个半月形的泪痕湿润区，呈褐色或黑色斑痕，形成黑斑眼，具有特征性。