潜伏期2～12天，平均6～8天。发痘前，病羊体温升高到41～42℃，食欲减少，结膜潮红，从鼻孔流出粘性或脓性鼻漏，呼吸和脉搏增快，约经1～4天后开始发痘。
发痘时，痘疹大多发生于皮肤无毛或少毛部分，如眼的周围、唇、鼻翼、颊、四肢和尾的内面、阴唇、乳房、阴囊及包皮上。山羊大多发生在乳房皮肤和乳头上。
开始为红斑，1～2日形成丘疹，突出皮肤表面，随后丘疹渐增大，变成灰白色水泡，内含清亮的浆液。此时病羊体温下降。
羊痘病毒主要存在于病羊的皮肤、黏膜的丘疹、脓疱、痂皮内及鼻黏膜分泌物中，在发病羊体温升高时，其血液中存有大量病毒。病羊为传染源，主要通过传染的空气经呼吸道感染，也可以通过损伤的皮肤或黏膜侵入机体。