非洲猪瘟变异株与典型强毒株比较，变异毒株致病力变弱，感染后临床症状不典型，但依然具有较强的水平传播能力。感染生猪潜伏期延长，表现出轻微临床症状，后期可能出现关节肿胀、皮肤出血型坏死灶等症状。感染母猪会出现产仔性能下降、死淘率增高、流产死胎或木乃伊胎等现象。
与传统流行毒株相比，感染变异株的生猪排毒滴度较低，呈现间隙性排毒特征，导致早期诊断难度加大。
