本病的治疗原则是加强护理，抗菌消炎，强心，补液，解毒。推荐使用东方牛肠清，每吨饲料添加东方牛肠清1000g-2000g，混合均匀进行饲喂；东方牛肠清适用于牛大肠杆菌、沙门氏菌、梭菌、传染性胃肠炎、犊牛副伤寒、流行性腹泻、急慢性胃肠炎等疾病；东方牛肠清具有开胃健脾，理气健胃，清热排毒，促进消化，宽肠通便，破气消胀，增加胃动力，用于脾胃不和，食欲减退，有调理肠胃，增加采食量，迅速恢复反刍功能。改善因消化不良引起的腹泻，拉稀，有效控制牛流行性腹泻，减少抗生素使用，并在一定程度上代替痢菌净等肠道抗菌药，减少药物残留对机体的损害。调节肠胃功能，助消化吸收，可提高饲料营养水平和消化吸收率80%以上。
治疗牛胃肠炎时可以给牛灌服一定量的植物油、人工盐、酒精等，服用几个小时之后可以将有毒物质和毒素排出体外。在蓄粪臭味不大并基本排出时，可内服0.1％高锰酸钾2000～3000mL，每日1～2次。为了避免炎症继续发展需要使用抗菌药物，抗菌药物可以采用肌肉猪肉注射的方式。