动物因肾盂肾炎死亡时，通常身体状况较差，病变集中在尿道。肾脏单侧或双侧肿胀，肾叶变不明显，被膜增厚，肾表面有灰白色坏死灶。肾切面显示肾盂极度膨胀，充满血液、脓汁及黏性液体。坏死组织呈现灰白色条纹，从肾盂向皮质发散。每个肾小叶的皮质和髓质内均有大量脓肿。输尿管扩张，同样充满血液、脓汁及黏性液体。膀胱和尿道壁增厚，黏膜层出现水肿、出血和坏死。
剖检可见肾脏肿大，严重时达正常两倍。病程久者，肾被膜部分发生粘连。肾表面有灰黄色化脓灶，切面可见肾乳头发炎坏死、溃烂、缺损，形成空洞，并有放射状的灰黄色条纹由破溃的肾乳头向髓质和皮质蔓延；肾盂扩张，黏膜充血、出血，肾盂腔内积有灰白色无臭的黏脓性渗出物；输尿管膨胀，积尿，黏膜增厚并伴有坏死变化。膀胱黏膜增厚，出现出血、坏死和溃疡。