羊肠毒血症与羊快疫的区别主要是发病季节和真胃出血程度。羊快疫发病季节常为秋、冬和早春冷季，而羊肠毒血症多在春夏之交抢青时和秋季菜籽成熟时发生。羊快疫病平常有明显的真胃出血性炎性损害；而羊肠毒血症病羊多无或仅见轻微损害。另外可通过细菌学检查区别。
感染羊肠毒血症的羊，有明显增大的腹围，内有大量的胸水、腹水，颜色为暗红色，真胃黏膜出血及脱落，小肠出血，呈血肠样，大肠内容物黑色恶臭。羊快疫剖检主要病变在真胃，真胃黏膜有大小不等的出血斑块和表面坏死。
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