羊肠毒血症与羊快疫的主要区别在于发病季节和胃部损伤。羊快疫多发于秋冬和早春寒冷季节，而羊肠毒血症则常见于春夏交替和秋季菜籽成熟期。在病理特征上，羊快疫通常伴有明显的真胃出血性炎性损害，而羊肠毒血症病例中此类损伤较轻微或缺失。此外，细菌学检查也可用于两种疾病的鉴别。
感染羊肠毒血症的羊可能会表现出显著增大的腹围，体内积累大量暗红色的胸水和腹水，真胃黏膜出血并脱落，小肠出血致使肠样，以及大肠中黑色恶臭的内容物。而羊快疫的主要病变在于真胃，其黏膜出现不同大小的出血斑块和表面坏死现象。
