羊场消毒的目的是消灭传染源散播于外界环境中的病原微生物，切断传播途径，阻止疫病继续蔓延。羊场要建立切实可行的消毒制度，定期对羊舍地面土壤、粪便、污水、皮毛等进行消毒。入场设消毒室的紫外线消毒，进入大门口消毒，羊舍的机械清扫和消毒液喷雾消毒等。羊舍环境消毒可10~15天进行一次，较夏秋季节有所延长，消毒前一定要将羊舍打扫干净，这样消毒才能取得良好的效果。
对羊舍的墙壁进行消毒，用消毒水在墙壁上进行粉刷，用量要控制在每平方米用1千克的消毒水。对羊舍地面进行消毒，用石灰水均匀地挥酒在地面上。对污水沟和粪便池进行消毒，把石灰水挥酒在污水沟和粪便池的周围即可。如果羊舍的地面是用水泥制成的，最好不要用这种消毒水进行消毒。