育雏禁止平养，一律鸡笼喂养。进雏鸡前一定要对育雏室进行彻底全面的消毒。地面、鸡笼、水槽、料槽反复用热碱水冲洗消毒。做好日常环境卫生工作，鸡场内的粪便及时清理并运往远处做无害化处理。每周消毒2～3次，舍内保持干燥，做好保湿及通风工作，给鸡群创造一个良好舒适的环境。加强饲养管理，提高机体抵抗力，合理搭配日粮，保障正常营养需要。幼年鸡维生素K的需要量最高，维生素A、维生素D补充充足，对减少该病的发生有很大作用。另外，雏鸡20日龄可投1次预防药物，连用3天，在环境威胁严重的地区，40日龄再投服1次。
改善环境。球虫的卵囊对消毒剂有一定的抵抗力。因此单纯的场地消毒不能很好的解决球虫频繁的问题。在球虫频繁发生的时候，一定要及时清理掉鸡舍中被污染的垫料等，减少接触感染。改变饲药习惯。在每天进行喂食的时候，饮水中加药，鸡吃过饲料，饮水量会增多。同时清除场地中污水，减少鸡摄入外界的水源，或者早上喂药以后再把鸡放开活动。这样就可以保证发病的鸡，能够摄入足够的药量，达到治疗的目的。
预防本病的主要环节是保持鸡舍的干燥，通风，清洁卫生，及时清除粪便，勤换药料，最好采用栅架饲养。定期消毒，从第10~50日龄交替使用抗球虫药进行预防，每种药用5-7天，间隔几天再使用另一种。加强饲料管理，成鸡与雏鸡分开喂养，以免带虫的成年鸡散播病原导致雏鸡爆发球虫病。加强免疫，注册有关球虫疫苗。药物治疗，氯苯胍：预防按30～33mg/kg浓度混饲，连用1～2个月。氨丙啉：可混饲或饮水给药。磺胺类药：混料或注射。