预防羊肠毒血症，可参照羊快疫的防治措施。使用抗生素或磺胺药结合强心、镇静等对症治疗。春夏季节应减少抢青、抢茬行为，秋季避免羊只过量食用结籽饲草。发病时，应将羊群转移至高燥地区。在常发地区，可定期给羊只注射羊厌气菌病三联苗或五联苗，无论是大小羊只，一律皮下或肌肉注射5毫升。
加强饲养管理是防控羊肠毒血症的重要措施，包括及时清扫羊舍内外的环境卫生，执行消毒制度，以及填平运动场的积水滩，避免羊只饮用受病原菌芽胞污染的积水。每年春秋两季，应定期注射三联苗或五联苗进行免疫接种。对于出现症状的羊只，每只羊肌肉注射160万IU青霉素3支，每日两次，连续使用三天。