感染细小病毒的母猪一般无明显症状，主要表现是屡配不孕，或产出死胎、木乃伊胎，所产活仔也较虚弱。在怀孕早期感染时，胎儿死亡，死亡胚胎被母体迅速吸收，母猪有可能再度发情；在怀孕30—50天感染，主要产木乃伊胎，如早期死亡，产出小的黑色枯萎样木乃伊胎，如晚期死亡，则子宫内有较大木乃伊胎；怀孕70天后感染，母猪多能正常生产，但产出的仔猪带毒，有的甚至终身带毒而成为重要的传染源。
猪群暴发此病时常与木乃伊、窝仔数减少、母猪难产和重复配种等临床表现有关。在怀孕早期30-50天感染，胚胎死亡或被吸收，使母猪不孕和不规则地反复发情。怀孕中期50-60天感染，胎儿死亡之后，形成木乃伊，怀孕后期60-70天以上的胎儿有自免疫能力，能够抵抗病毒感染，则大多数胎儿能存活下来，但可长期带毒。
临床上有两种表现型，出血性肠炎型以剧烈的呕吐、出血性肠炎和白细胞显著减少为主要特征；心肌炎型则以突然死亡为特征。