通常防治仔猪黄白痢偏重于针对病原菌，包括疫苗和抗生素的使用。菌苗免疫因肠道微生物抗原和抗原决定簇复杂，免疫机制略有差异，免疫效果常不确切；给仔猪注射或口服抗菌药物是很常见的做法。
对于新生仔猪黄白痢防治：
1.6天以内仔猪：出现黄白痢主要是母猪问题，需提前给母猪注射三联预防腹泻疫苗。
2.7天以上仔猪：可口服庆大霉素1毫升，连用2-3天。
3.辅助治疗：用0.9%氯化钠3.5g、氯化钾1.5g、碳酸氢钠2.5g、氟哌酸4g溶于1000毫升温水，每次80-100毫升加入炒香大米粉喂服，每日2-3次。
注意：随着抗生素的广泛使用，大肠杆菌耐药性普遍增强，常见药物如庆大霉素、土霉素等疗效降低。大量使用抗生素还会影响仔猪肠道微生态平衡。