犊牛发生腹泻的原因有：一消化不良性、水土不服（常见于长途运输，环境改变）引起的。二细菌病毒感染引起的。三寄生虫寄生引起的。四误食毒物引起的。环境应激因素致使出生犊牛的抵抗力降低。新生犊牛消化器官的结构和功能发育不够完善，加上中枢神经系统对胃肠道的调节功能较差，在某些饲养管理上的不利因素诱发下，条件致病菌就会大量繁殖,此时肠道菌群出现变化，特别是双歧杆菌、乳杆菌等正常优势菌与致病型大肠杆菌、产肠毒素型大肠杆菌等条件致病菌的比例发生变化，致使犊牛腹泻病的发生。主要有以下几方面的原因引起。1.细菌引起，2.病毒引起，3.饲养管理不当引起。4.应激引起，5.隐孢子虫引起。