病变主要在呼吸器官：鼻腔中有多量淡黄色混浊黏稠的恶臭味渗出物；喉头黏膜轻度水肿、充血和出血，并覆盖有多量灰白色粘液性或脓性渗出物；气管内有多量灰白色或红褐色粘液。病程较长时，气囊壁混浊、表面呈念珠状，内部有黄白色干酪样物质，有时可见一定程度的脑炎病变，严重时，心包膜、输卵管及肝脏出现炎症。部分病例可见肝脏肿大，表面有一层黄白色的纤维蛋白附着，严重时肝脏渗出的纤维蛋白将胸腔、心脏、胃肠道粘连在一起。
鸡支原体病的病理变化：剖检时可见鼻腔、气管、支气管和气囊中含有粘液性渗出物，特征性病变是全身气囊特别是胸部气囊有不同程度混浊、增厚、水肿，随着病程发展气囊上有大量大小不等干酪样增生性结节，外观呈念珠状，少数大至鸡蛋，有的出现肺部病变。在慢性病例中可见病鸡眼部有黄色渗出物，结膜内有灰黄色似豆腐渣样物质。