病变主要在呼吸器官：鼻腔中有多量淡黄色混浊黏稠的恶臭味渗出物;喉头黏膜轻度水肿、充血和出血，并覆盖有多量灰白色粘液性或脓性渗出物;气管内有多量灰白色或红褐色粘液。病程较长时，气囊壁混浊、表面呈念珠状，内部有黄白色干酪样物质，有时可见一定程度的脑炎病变，严重时，心包膜、输卵管及肝脏出现炎症。部分病例可见肝脏肿大，表面有一层黄白色的纤维蛋白附着，严重时肝脏渗出的纤维蛋白将胸腔、心脏、胃肠道粘连在一起。
鸡支原体病的病理变化：剖检时可见鼻腔、气管、支气管和气囊中含有粘液性渗出物，特征性病变是全身气囊特别是胸部气囊有不同程度混浊、增厚、水肿，随着病程发展气囊上有大量大小不等干酪样增生性结节，外观呈念珠状，少数大至鸡蛋，有的出现肺部病变。在慢性病例中可见病鸡眼部有黄色渗出物，结膜内有灰黄色似豆腐渣样物质。
鼻腔、气管、气囊、窦及肺等呼吸系统的粘膜水肿、充血、增厚和腔内贮积粘液，或干酪样渗出液。肺充血、水肿，有不同程度的肺炎变化；胸部和腹部气囊膜增厚、混浊，囊腔或囊膜上有淡黄白色干酪样渗出物或增生的结节性病灶，外观呈念珠状，大小由芝麻至黄豆大不等，少数可达鸡蛋大，且以胸、腹气囊为多。
剖检时可见鼻腔、气管、支气管和气囊中含有粘液性渗出物，特征性病变是全身气囊特别是胸部气囊有不同程度混浊、增厚、水肿，随着病程发展气囊上有大量大小不等干酪样增生性结节，外观呈念珠状，少数大至鸡蛋，有的出现肺部病变。
剖检时可见鼻腔、气管、支气管和气囊中含有粘液性渗出物，特征性病变是全身气囊特别是胸部气囊有不同程度混浊、增厚、水肿，随着病程发展气囊上有大量大小不等干酪样增生性结节，外观呈念珠状，少数大至鸡蛋，有的出现肺部病变。在慢性病例中可见病鸡眼部有黄色渗出物，结膜内有灰黄色似豆腐渣样物质。
发病后病鸡先流出浆液性或粘性鼻液,打喷涕,炎症继续发展时出现咳嗽和呼吸困难,可听到呼吸罗音,到后期鼻腔和眶下窦蓄积多量渗出物,并出现眼脸肿胀,眼部突出。