消毒是杀灭外界环境的病原体，阻断动物疫病传播的关键环节，是防止传染病发生和蔓延的一项重要措施。各饲养场应建立严格的卫生消毒制度。
一、牛舍消毒
首先清扫牛体表、牛舍及周围环境的粪便、污物等，然后用化学药物对整个牛舍进行严密喷洒、涂刷消毒。常用消毒剂为10～20％生石灰乳、10％漂白粉溶液、2～10％氢氧化钠溶液等。消毒药液用量：大棚、墙壁每平方米1升左右，地面每平方米2升。
二、牛舍内空气消毒
将牛移到舍外后进行消毒：
1.过氧乙酸：每立方米用量1～3克，配成3～5％溶液，加热熏蒸1～2小时。
2.福尔马林：每立方米15毫升，加水80毫升，加热蒸发，密闭4小时后通风。
三、粪便及污染物消毒
处理方法：
1.量大的粪便远离牛舍堆积泥封发酵。
2.量少的可用10～20％漂白粉或20％生石灰搅拌均匀消毒。
3.炭疽等可疑病例污染物需焚烧或深埋。
四、运动场地消毒
水泥地面先清扫，再用消毒液冲洗；泥土地面应铲去表土更换新土，铲除的土壤按粪便消毒方法处理。