临床上应用的治疗药物主要有两种。一是化学合成类抗球虫药，如磺胺类、尼卡巴嗪、地克珠利、球痢灵等。磺胺类药物优点是抗球虫谱广，且具有防治肠炎的功效，缺点是易产生抗药性，副作用大，可用于短期治疗;尼卡巴嗪的优点是广谱、高效和产生抗药性慢，缺点是会造成鸡只厌食、热应激;地克珠利具有高效、低毒、添加量低等优点，但价格较高;用球痢灵治疗柔嫩艾美尔球虫效果较好。二是聚醚类离子载体抗生素类抗球虫药，如莫能霉素、拉沙里霉素、马杜拉霉素、海南霉素等。其中，莫能霉素对堆型艾美尔球虫的效果较好;拉沙里霉素商品名为球安，对柔嫩艾美尔球虫效果较好;马杜拉霉素抗球虫效果最好，但安全范围极窄;海南霉素抗球虫谱较宽，效果较好。
鸡球虫病在临床上可选择具有驱虫、杀虫、止血、解毒、消炎功效的中药进行组方，以有效抑制球虫发育，起到预防和治疗作用，同时减少化学药物的残留。如青蒿、常山、连翘、柴胡、苦参、仙鹤草、生地、白头翁、白术、车前子等中药，都具有抑制球虫的功效。
1.聚醚类离子载体抗生素类抗球虫药主要有莫能菌素、拉沙里菌素、盐霉素、海南霉素等。这类药物的作用机制是提高虫体细胞膜对钾、钠、钙、镁等离子的通透性，使细胞内外形成较大渗透压差，水分大量进入虫体细胞使其膨胀，破裂而死亡。2.化学合成类抗球虫药，主要有磺胺类（包括磺胺喹恶啉、磺胺吡嗪等），球痢灵、氯苯胍、氨丙啉、尼卡巴嗪、痢特灵、地克珠利、百球消、二甲硫胺、喹啉类等。化学合成药对球虫的作用机制比较复杂，有的影响球虫发育过程，如磺胺类，有的影响虫体线粒体功能等。3.中草药制剂：主要有青蒿（青蒿、常山各80g，地榆、白芍各60g，茵陈、黄柏各50g）、五草汤（旱莲草、地锦草、鸭跖草、败酱草、翻白草各等份）、驱球净等新制剂，其大多是由中药材经提取、浓缩、精制而成，具有驱虫、杀虫、止血等功效。