泥鳅雌雄亲鱼的区别主要有：①胸鳍：雌鱼胸鳍宽短，前端圆，呈扇形，第二、三软鳍条长短基本相同；雄鱼胸鳍窄而长，比雌鱼大，第二鳍条基部有小骨板。②腹鳍呈白斑点：在繁殖期，雌鱼两侧腹鳍上部有一个白色斑点，雄鱼则无。③肌肉突起：在繁殖期，雄鱼身体后部的两侧各有一条明显的肌肉突起，雌鱼则没有。
在生殖季节，雌雄之间有许多不同的特征：(1）体形雄鳅较小，背鳍末端两侧有肉质突起，雌鳅较大，背鳍末端正常，无肉质突起，产过卵的雌鳅腹鳍上方体身还有白色斑点的产卵记号，未产卵的则没有。(2）雄鳅胸鳍较大，第二鳍条最长，前端尖形，尖部向上翘起，雌鳅胸鳍较小，前端圆钝呈扇形展开。(3）腹部产卵前雄鳅腹部不肥大且较扁平，雌鳅产卵前，腹部圆而肥大，且色泽变动略带透明黄的粉红色。