净化水质的方法除了传统的方法（注水、使用增氧机、施生石灰）外，还有一种新的方法，使用水质调节剂：微生物菌肥。微生物菌肥内含多种功能微生物，可以有效分解各种有害物质。当水质过肥、浑浊、透明度低时，施用适量微生物菌肥，可以保持水质澄清，防止水质老化，促进浮游生物生长和预防鱼病的发生。
净化和调节水质的方法有物理净化与化学净化。物理净化方法主要是利用物理作用，其处理过程中不改变污染物的化学性质，包括栅栏、筛网、曝气、沉淀、过滤、吸附等。养殖水体的化学净化方法。化学净化是指利用化学方法去除池塘水体中污染物质的过程。常见方法有中和、络合、混凝、氧化还原等。
①常规方法，主要包括适时追肥，增加浮游植物量，促进光合作用产氧；经常加注新水，改善池塘环境；定期搅动底泥，使池水上下混合，增加溶氧。②采用机械调节水质，主要包括使用增氧机调节水质，通过搅水、曝气等作用造成对流，提高水中溶氧，散发有毒气体；使用水质改良机调节水质，除能够喷水增氧外还可以使塘泥喷向水面，改善水质；利用潜水泵调节水质，其原理同喷水式增氧机，但优点是可以抽取底层水进行增氧；使用水质净化机调节水质，适用于小体积高密度养殖的水质净化，利用亚硝化细菌与硝化菌等出去池水中的“氨”。③利用化学方法调节，包括泼洒生石灰、生氧剂、水质改良剂等。④控制浮游生物的组成，控制浮游生物的优势种群，维持是池塘的生态平衡，可以通过合理施肥、加注新水、投放微生态制剂、开动增氧机、调节养殖品种等等多种方式来实现。
