网箱养鱼密度很大，如果管理不善，同池塘养殖一样，也会有很多鱼病发生。发病原因主要有以下几种：
1）环境不良。水中寄生虫多，这寄生虫往往通过水体流动而传播。主要原因是养殖工具、鱼体等未严格消毒、杀菌、除害而相互传播。寄生虫可通过工具、鱼体传染网箱中任何鱼，造成寄生虫病泛滥。
2）喂养不当。饵料单一，长期只喂一种饵料，鱼儿吸收的营养不全面。投喂时忽多忽少，鱼儿时饱时饥。饵料变质、带菌，造成鱼儿肠胃闹病，得营养不良症。
3）操作不当。在鱼儿起捕、转运、放养、清箱过程中，弄伤了鱼体，如掉鳞、破鳍、受伤、把体液弄掉等，引起水霉病。
4）水温不适。常规鱼类一般适应22～30℃的水温，水温过低会造成冻伤。高水温里的鱼转入低水温里去，相差3℃以上就会感冒。
5）鱼苗体质虚弱，未经严格拉网锻炼而造成成活率不高。