南方一些地区冬季气候变化无常，当长时间无冷空气南下，阳光普照时，冬眠的甲鱼就会苏醒觅食，当寒流南下白天气温低到12℃以下时，甲鱼又进入冬眠状态。如果不加强管理，奇冷奇热的天气甲鱼往往会因冻伤感染水霉病和细菌性疾病，造成损失。因此必须采取如下措施。
一、选好越冬塘
越冬塘应选在远离村镇无厂矿污染源，且灌排水源方便的池塘，水深最好2m以上，淤泥厚度30cm左右，面积2-3亩，背风向阳更佳。有条件者可以分级分规格（亲鳖、成鳖、幼、稚鳖）越冬。在秋收割禾前将甲鱼进行体表消毒（用4％的盐水浸洗10分钟后）落塘养殖过冬。
二、对水质消毒
越冬前，先将水质用标准渔药进行消毒。毒性过后（约7-10天）即可将甲鱼落塘越冬。每月保持对水质消毒一次。水质消毒应选用对甲鱼刺激性小的表面活化剂类或碘类药物消毒。
三、加强水质管理
保持水质清新，水体要求透明度30cm，PH值7.5-8.5。可用竹杆在池塘一角用竹（网）片每亩围圈60-70m²水面种植水生植物净化水质。或投放有益细菌增加水中溶解氧。还可用沸石粉或底净药物净化淤泥中的有害物质。每亩池塘适量放鲢鱼60尾，鳙鱼20-30尾混养。水温连续几天在20℃以上时，天气晴朗适当灌入30cm新水，保持水质肥、活、嫩、爽。
四、适时投喂
甲鱼在水温上升到20℃以上时会苏醒，应实行水下投喂方式。最好投喂新鲜鱼类，用铁丝穿过鱼头部吊挂水中摄食2-3小时后清除残饵。每天投喂一次。水温转冷后（20℃以下）甲鱼转入冬眠即停止投喂。