利用沼气肥养鱼，具有肥效高、耗氧低、浮游生物繁殖快、鱼类生长快、鱼病少、鱼肉无异味、成本低、操作方便等优点。
一、掌握沼气肥效高的时间
沼气池大换料后经过一个月，沼气肥所含的速效氮、磷等达到高峰。将此时的沼气肥施到鱼塘中，能发挥最大效益。
二、掌握施用方法
将沼气肥的肥渣作为基肥，肥水作为追肥。沼气肥是速效性肥料，应掌握"量少次多"的原则，一般每天施一次。若天气炎热，水色透明度在25厘米以下，则应隔一天或几天施放一次。
三、合理放养鱼种
以滤食性鱼类（如花鲢、白鲢）为主，适当搭配杂食鱼类（如鲤鱼、鲫鱼和罗非鱼等）。主体鱼不得低于60%，尽量减少或不放吃食性鱼类。
四、控制鱼塘与沼气池比例
鱼塘与沼气池的面积比以100:0.2-0.3为宜。建议分设几个沼气池，便于轮换使用，避免鱼塘过肥或沼气肥过剩的情况。