由于小龙虾养殖刚刚起步，加之在粗养条件下发病较少，研究小龙虾虾病害的时间也较短，目前对许多问题尚未完全了解，特别是病毒性疾病至今仍不能有效治疗。对待虾病应立足于"以防为主、防治结合"的方针。下面介绍几种小龙虾常见病害的防治方法。
一、烂鳃病
病原为细菌，症状为病虾鳃丝发黑，局部霉烂。防治方法：经常清除虾池中的残饵、污物，注入新水，保持水体中溶氧在4毫克/升以上。用漂白粉2克/立方米溶水全池泼洒。
二、黑鳃病
主要由水质污染严重，虾鳃丝受霉菌感染引起。症状是鳃由红色变为褐色或淡褐色，直至完全变黑，鳃萎缩。防治方法：保持水体清洁，溶氧充足，定期用生石灰调节水质。患病虾用3%~5%的食盐水浸洗2~3次，每次3~5分钟。
三、烂尾病
因虾体受伤、相互残食或被几丁质分解细菌感染引起。初期尾部有水泡，边缘溃烂、坏死，严重时整个尾部溃烂掉落。防治方法：运输和投放时避免损伤虾体，饲养期间投足饲料。发病时用茶粕15~20克/立方米或生石灰5~6公斤/亩溶水全池泼洒。
四、聚缩虫病
症状为虾难以顺利脱壳，常导致脱壳过程中死亡。防治方法：彻底清塘消毒，发生后可大量换水减少虫体数量。
五、纤毛虫病
累枝虫和钟形虫等附着在虾体表、鳃部，影响呼吸和活动。防治方法：保持合理密度和环境清洁。可用3%~5%食盐水浸洗病虾3~5天，或用25~30毫克/升福尔马林浸洗4~6小时。