一是人工生态环境养殖法。即人工创造一个符合无公害水产品生产环境条件的水域，依据水生生态学原理选择合适的养殖品种进行无公害养殖。例如，种草养殖虾、蟹，现已成为发展无公害虾、蟹养殖的主要模式之一；水产品与农作物共生互利养殖法，即稻田养鱼虾等；鱼、畜、禽、草（菜）有机结合养殖法，用无公害商品饲料养畜、禽、鱼，池埂边坡种饲草饲养鱼类和畜禽，畜禽粪肥经沼气池发酵后作饲草和培育水质的肥料，形成物质流的良性循环。
二是多品种立体养殖法。将不同水层生活的鱼类混养，形成相对稳定的生态平衡。以草、鲂为主养鱼，混放鲢、鳙、鲫、鲴等，草鱼粪便培养浮游生物供鲢鳙摄食，鲤、鲫、鲴以残饵碎屑为食，净化水域环境。搭配鳜、鲶等肉食性鱼类可吃掉野杂鱼和病弱鱼，防止病害蔓延。
三是开放式流水或微流水养殖法。利用河流、湖泊的自然落差进行流水养殖，水质优良，配套无公害饲料，主养名优鱼类，养殖密度适当，基本不需用药。
四是自然生态系统养殖法。在无污染的天然水域利用天然饵料增殖养殖，不投饵、不施肥用药，生产绿色有机食品。
五是使用微生物制剂养殖法。光合细菌、芽孢杆菌等微生物活菌制剂可分解水体有机质，改善水质和养殖对象肠道环境，增强抗病能力，提高饲料报酬。