淤泥具有供肥和调节水质肥瘦的能力，是养殖水体有机物的"贮存库"，也是有氧物的"生物加工厂"。淤泥中含有大量营养成分，包括有机质、氮、磷、钾。对于天然水域，淤泥中的有机物则是水生动物营养物质补充的重要来源。
而淤泥过多则容易使水质恶性循环，有机物耗氧过大，造成下层水长期呈缺氧状态。在夏秋季节容易造成鱼类缺氧浮头，甚至泛池死亡。此外，有机物在缺氧条件下产生大量还原有机物如有机酸、氨、硫化氢等，不仅使PH值下降，还有利于致病微生物生长繁殖，降低鱼类抵抗疾病的能力。
改良水质，特别是防止淤泥过多，是实行健康养殖的重要措施。在精养鱼池中，究竟保持多少厘米淤泥比较合适还有争议，但有关数据测定放鱼种时保持5厘米左右较好。在实际生产养殖中，养殖户往往忽略了淤泥对养殖鱼类的影响，容易造成不必要的经济损失。