在鱼病防治中，某些名特优品种的生理、生态习性与常规养殖品种不同，需特别注意药物的使用。以下是常见药物的注意事项：
喹诺酮类
包括诺氟沙星、氧氟沙星、依氟沙星和恩诺沙星等，用于防治细菌引起的腐皮、穿孔、烂颈等鳖病。但50克以下的鳖苗禁用，可能导致骨骼畸形。
敌百虫
常规鱼类可用于防治寄生虫和杀灭蚤类，剂量为0.5×10⁻⁶-1×10⁻⁶。淡水白鲳、虹鳟、鳜鱼、鲈鱼及虾类敏感，即使低剂量（0.2×10⁻⁶）也可能致死。
硫酸亚铁
叉尾鮰、乌鳢、月鳢对此药物敏感，应禁用。
敌杀死（溴氰菊酯）
常用于灭杀鱼池中华蚤、锚头蚤等寄生虫。但会连带杀死虾类和浮游动物，尸体腐烂易引发泛塘。
食盐
用于鱼种浸洗防治细菌、真菌及寄生虫病。蛙类对1%盐度难以存活，蛙病防治应避免使用。
强氯精（高氯制剂）
捕捞前使用会刺激河蟹，可能导致提前打洞、逃逸或死亡，影响回捕率。
硫酸铜
属于重金属盐类，河蟹捕捞前禁用。后期使用易导致断肢，影响摄食和生长。虾类及鳜鱼使用时需严格控制安全浓度。
氯霉素
可能导致鳖的粒细胞、血小板减少及溶血性贫血。即使外用时也需控制浓度，否则会加重病情或加速死亡。