秋季气温多变，昼夜温差较大，主要养殖鱼类的病害仍处于高发期要注意防范。多数养殖生物已进入养成后期，自身污染将加重，要密切注意水质变化，定期使用消毒剂处理养殖水体，用微生态制剂改良水质。
一、草鱼出血病
流行季节定期用杀菌消毒药物全池泼洒或食场泼洒，并结合内服免疫调节剂进行预防。
二、草鱼烂鳃病、肠炎病、赤皮病
首先要改善养殖水环境来预防疾病的发生，可采用全池泼洒二氧化氯消毒剂进行养殖水体消毒。
三、车轮虫、鱼鲺、中华鳋及锚头鳋等寄生虫性疾病
可采用硫酸铜和硫酸亚铁合剂（5：2）、晶体敌百虫，高锰酸钾等药物进行防控。
四、治疗细菌性疾病
若疾病已开始流行，可先用一些药物投喂，随后根据药物敏感性试验结果选择治疗药物，同时配合中草药和维生素内服，效果更好。