物理方法清塘挖淤一般在冬季或早春等生产闲季进行。大多先排干池水，然后用水力挖塘机组清除淤泥。生产实践证明：鲢、鳙、罗非鱼池底泥厚度在20-40厘米；草、鲂、鲤鱼池底泥以O-15厘米为宜。因此，为保持良好水质，每隔l～2年应清除10-20厘米呈暗黑色的底泥。
化学方法最常用的就是生石灰清塘。生石灰遇水后发生化学反应，放出大量的热能，中和淤泥中的各种有机酸，改变酸性环境，从而可以起到除害杀菌、施肥、改善底质和水质的作用。
生物方法利用生物来修复养殖塘底质，减少底质有机物的积累也能取得显着效果。光合细菌在池底污染严重或水质不良又不能换水的封闭式养殖塘可发挥出较明显的作用。复合型微生物底质改良剂能发挥各菌种的协同作用，将残饵、排泄物、动植物尸体等造成底质变坏的隐患及时分解消除。