孵化后的锦鲤仔鱼，饲养了20天至1个月左右，鱼体长到3厘米左右时，就要进行挑选。挑选工作一般在孵化后的3个多月期间内进行3～4次挑选。挑选的时间因品种不同而有差异，例如昭和三色锦鲤在孵化两个多星期时就可以进行挑选；黄金系统锦鲤为50天可以开始挑选；而红白系和大正三色系统的锦鲤为60天左右才开始挑选。总之，幼鱼需生长到体长3～5厘米时挑选才能开始。
挑选的要点是：首先去掉畸形、色彩不鲜艳的鱼。还要依照花纹的生长状况和质量好坏的标准进行挑选。如红白系锦鲤，红斑纹颜色淡的应淘汰；黄金系锦鲤，头部无光泽、鳞片覆盖不好、鱼体杂斑多、胸鳍生长不好的均应淘汰。
锦鲤在喂养过程中淘汰率比较高。若l尾亲鱼一般产卵20万～40万粒，孵化后经过数次挑选，最后只能留下约5000尾大鱼。据有关资料介绍，亲鱼产卵10万粒，经4～5日的孵化后，获仔鱼6万～7万尾；再经20天的喂养可获得体长2厘米的幼鱼3万尾；至7月份经第1次挑选，留强去弱，只留下1.6万尾；再经过第2次挑选或日常喂养中淘汰，则只能留下5470尾鱼；至11月越冬时，只有鱼3600尾；满1年时，就只能留下精壮的大鱼2300尾。