很多小龙虾养殖户因为追求密度，大量投料，底子污染非常严重。而这些外来有机物，池塘(田)原有微生物已无法分解利用，导致有机物腐败酸化、氧化还原电位降低、有毒有害物质产生、有害菌群大量繁殖，随着气温的慢慢升高，情况越来越严重，在不良环境里，小龙虾体质也越变弱，免疫能力也会下降。到了五月前后，问题积累到达到顶峰，有毒有害物质、致病菌等数量突破峰值，小龙虾免疫的防线被突破，病害就大量发生了。
治理方法很简单，就是提前改底、调水，保持水体微生态环境的平衡，保持藻相菌相的平衡，不让有机物堆积，这样温度升高后池塘底部的负担就轻，有害物质就会减少。