微孢子虫是一类微小的孢子虫，孢子呈梨形、椭圆形、茄形等，孢子长2～10微米，内部构造必须在电子显微镜下才能看清楚。
微孢子虫主要寄生在南美白对虾、罗氏沼虾、河蟹的肌肉内，有时也寄生在生殖腺、心脏、神经等处，严重时可引起病体死亡，甚至大批死亡。我国南、北地区都有发生。
疾病早期没有明显症状。如微孢子虫寄生在肌肉里，慢慢形成白斑，逐步扩大、增多，全身肌肉变白、混浊、不透明，组织变松软，失去弹性，生长缓慢，弹跳无力。寄生在生殖腺时，生殖腺肿胀、变白，失去生殖能力。总之在寄生的组织处形成白色胞囊，不断扩大、增多，破坏组织，最后病体死亡。
需根据症状及流行情况进行初步诊断，并取病灶处用显微镜检查确认。繁殖用的亲虾、亲蟹必须严格检疫，选用健壮个体。养殖用水要经过沉淀、过滤，必要时消毒净化。
投喂添加免疫激活剂的饲料提高抵抗力，加强饲养管理，保持水质优良。发现病体及时捞出处理，并对池塘及工具进行消毒。