水生生物的存活与生长存在适宜的温度范围，一般为0～30℃。在0～30℃间，水生生物的新陈代谢随水温的增高而升高，繁殖速率就越快。超过30℃，水生生物增殖放缓，生长受到抑制；水温达到60℃时，绝大部分水生生物不能存活。
在适宜水温范围内，水温越高，水生生物的活力就越强，新陈代谢旺，对肥料的吸收利用率也强。施肥后，浮游生物达到高峰期的时间随水温和天气情况不同而有所差异。如水温在20℃左右，天气晴朗，适量施肥后2～3天水色可达到肥水标准；若施肥后遇到阴雨天气，由于光照不足，水温降低，肥料分解和浮游生物代谢活动下降，有时5～6天后水质也不转肥，此时不要轻易判断肥料效果不好或施肥不足，待天晴1～2天后再视水色情况决定是否追肥或搭配其他肥料。
池塘水温较低时，水体藻类以金藻和硅藻为主，其生长最适水温为15～25℃。春季是水产动物放苗培育季节，应抓住时机多培育硅藻，为水产动物提供充足的适口天然饵料。肥水应选择适宜促进硅藻繁殖的肥料，如富含氨基酸类的肥水膏、发酵充分的有机肥（如"博田"酵母源有机肥，2.0～3.0Kg/亩），并搭配适应低温、能促进肥水的活菌，如活性酵母、光合菌、放线菌等，以达到低温肥水的效果。