鱼菜共生系统可以分为两种模式:
一是封闭循环模式:养鱼池的水经硝化床处理后,进入蔬菜栽培系统,再返回至养鱼池,水在养鱼池、硝化床、蔬菜栽培系统之间完全封闭循环,不向外排放,外界只定量向系统补充新水。这种模式是基于科研目的而采用的,“鱼菜比例”的概念也是基于这种模式提出的。封闭循环模式适用于极度缺水的地方,对管理、控制的要求高,建造及运行成本也相应较高。
二是开放或半开放模式:养鱼池与蔬菜栽培系统之间不完全封闭循环,养鱼池的水硝化后进入蔬菜栽培系统,不再全部返回养鱼池,部分或全部向系统外排放,养鱼池用水全部或部分由系统外补充。在水源充足的地方一般采用这种模式,开放或半开放模式对管理、控制的要求相对低一些,建造及运行成本也少一些。