梭子蟹自人工育苗至养成商品蟹出池的各个时期均有病害发生，严重时死亡率高达80%以上。其中危害较严重的为细菌性疾病和寄生虫病。
弧菌病
病原体为鳗弧菌、副溶血弧菌及溶藻弧菌。此病在蚤状幼体各个时期均有发生，在各期变态时尤为严重，4-6小时内死亡率可达80％以上。症状表现为摄食能力下降、趋光性减弱、胸部及附肢发红。发病多因水质恶化，弧菌大量繁殖所致，高温季节多发。
防治：育苗期间加强换水，投喂鲜活饵料；养成期每10天左右全池泼洒0.3mg/L三氯异氰尿酸钠等消毒剂。
丝状细菌病
病原体为毛霉亮发菌，菌丝呈透明发状。主要附着在抱卵蟹受精卵及幼体鳃、体表，导致胚胎死亡或幼体呼吸困难。育苗期因投饵过量、底质恶化易发，养成期高温时危害显著。
防治：育苗期用0.5-0.7mg/L高锰酸钾泼洒；养成期每15天泼洒15-20mg/L生石灰水，保持水质清洁。
发光病
病原为荧光假单胞菌等发光细菌，危害蚤状幼体，1-2天内死亡率可达80%。病体活力下降、体色白浊，夜间可见池水荧光。多发于水温升高时的育苗中后期。
防治：隔离病池，换水工具专用。治疗用0.5mg/L漂粉精或0.65-1mg/L磷酸红霉素全池泼洒。
寄生虫病
主要为聚缩虫等纤毛虫类，寄生在鳃及体表。病蟹体表滑腻，鳃丝灰黑，严重时窒息死亡。育苗期因饵料处理不当易发，养成期池塘老化时多见。
防治：育苗期用30-35mg/L制霉菌素泼洒；养成期用0.3mg/L三氯异氰尿酸钠全池泼洒。
链壶菌病
由真菌寄生引起，菌丝缠绕幼体致其死亡，1-3天内死亡率可达100%。多发于幼体密度过高、换水不足的育苗池。
防治：用0.1-0.5mg/L亚甲基蓝或0.01-0.1mg/L氟乐灵全池泼洒。
甲壳溃疡病
病原为分解几丁质的细菌，甲壳出现褐色溃疡斑点，多发于养成后期。池底淤泥过多时易发，影响商品品质但不致命。
防治：保持水质清新，定期清淤。
乳化病
病原为酵母菌，病蟹步足尖端着地爬行，体腔渗出乳白色液体。多发于水温20℃以下的养殖后期。
防治：定期清理残饵，每20天泼洒15-20mg/L生石灰；治疗用5-8mg/L聚维酮碘泼洒。