我们常说的消毒剂是指化学消毒剂。可按其化学性质的不同分为九大类：含氯消毒剂、过氧化物消毒剂、环氧乙烷、醛类消毒剂、酚类消毒剂、含碘消毒剂、醇类消毒剂、季胺盐类消毒剂和双胍类消毒剂。其中在水产上常用的消毒剂有含氯消毒剂，如漂白粉、二氯导氰尿酸、二氯异氰尿酸以及由此引申的一些消毒剂，像溴氯海因、二溴海因等。
常用的过氧化物消毒剂为二氧化氯。常用的醛类消毒剂有甲醛(40％的甲醛也叫福尔马林)、戊二醛以及复方戊二醛等。含碘消毒剂水产上主要使用的有PVP-I(聚维酮碘)、双链季胺盐络合碘两种。像环氧乙烷、酚类消毒剂、单链季胺盐类消毒剂和双胍类消毒剂目前在水产上的应用尚少。
含氯消毒剂的杀菌机理是与水发生反应生成小分子的次氯酸，次氯酸扩散到细菌表面，并穿透细胞膜直接氧化菌体蛋白。该类消毒剂的优点是可杀灭各种微生物，包括细菌繁殖体、病毒、真菌和抗力较强的芽孢；缺点是无机氯性质不稳定，易受光、热和潮湿的影响，有机氯相对稳定但溶于水后也不稳定。其效果受水体环境影响，温度升高作用加强，pH值升高作用减弱，有机物过多时效果下降，且对水产动物刺激性较大。
二氧化氯被联合国卫生组织确认为A1级安全消毒剂。其不仅能大幅减少致病微生物，还不损害浮游生物，对水体有消毒和增氧作用，对多种鱼病及虾病均有显著疗效。
醛类消毒剂通过活泼的烷化剂作用于微生物蛋白质中的官能基，从而破坏蛋白质分子。可杀灭一切微生物，但对水产动物刺激性和环境影响都较大，现多用于鱼类水霉病的防治。
含碘消毒剂的杀菌机理是卤化微生物蛋白质，可杀灭细菌繁殖体、真菌和部分病毒，且对水产动物刺激性小、安全性高。PVP-I侧重用于病毒性疾病和复合性疾病；双链季胺盐类侧重用于抗应激差的特种水产和苗种阶段。
在选择消毒剂时，应遵循从低档到高档的顺序：氯制剂、溴制剂、双链季胺盐类、碘制剂、二氧化氯。氯制剂和二溴海因成本低，适用于普通鱼类常规消毒；二氧化氯适用于水体复杂的情况；醛类消毒剂适用于密集养殖等特殊场合。不同消毒剂的交替使用可防止耐药性菌株出现。
使用时应根据实际情况选择合适的消毒剂，把握其特点。如二氯异氰尿酸应现配现用，高温季节注意用量；pH高时药效降低，使用前后不应施碱性药物；对敏感期和体弱水产动物应慎用。