治疗草鱼种肝胆综合征一般按照“杀虫、灭菌、内服、调水”四步法进行，具体内容为：用阿维菌素等杀灭有害寄生虫;用聚维酮碘等杀菌消毒;内服黄芪多糖、板蓝根、维生素C、维生素K3等，增强鱼体免疫力;用光合细菌等微生物制剂调优水质。无寄生虫感染时可以免去杀虫步骤。
草鱼肝胆综合征以预防为主，治疗为辅，平时注意饲料的蛋白质不要太高，提高饲料的消化利用率，在治疗时饲料中拌服保肝护胆药物。
