鳃是三疣梭子蟹重要的呼吸器官，当鳃部发生病变或堵塞时，会影响气体交换，严重时可导致窒息死亡。近几年来，鳃病已成为三疣梭子蟹人工养殖的常见病和多发病。
一、由环境不良引起的鳃病及其防治
养殖水域受到重金属、高锰酸钾、臭氧、原油、氨、亚硝酸盐等化学物质污染时，可引起鳃组织坏死、变黑。饲料中长期缺乏维生素C或蟹体长期处于低pH值的水环境也能使鳃部发生病变。
防治方法：
1.通过及时换水、增氧等措施，降低养殖水体中污染物质的含量。
2.对于重金属离子污染的水体，可投放EDTA-钠盐等螯合剂。
3.投放沸石粉等底质改良剂，降低氨氮、亚硝酸氮等有害物质。
4.高温期间，投喂添加1%～3%维生素C的优质饲料。
二、由丝状细菌引起的鳃病及其防治
主要病原为毛霉亮发菌，菌体头发状，以鳃尖处固着为多。丝状细菌往往与纤毛虫共同附着在鳃部，影响呼吸功能。
防治方法：
1.外用三氯异氰尿酸0.1ppm～0.3ppm，或二氧化氯0.5ppm～1.0ppm。
2.内服恩诺沙星1g/kg饲料～3g/kg饲料，或氟苯尼考1g/kg饲料～2g/kg饲料。
三、由原生动物引起的鳃病及其防治
主要有固着类纤毛虫如钟虫、单缩虫等以及吸管虫类。这些生物大量繁殖时说明水体污染严重、富营养化程度高。
防治方法：
1.预防时做好清塘消毒工作，控制放养密度和投喂量。
2.治疗时可全池泼洒二溴海因0.2ppm或三黄粉1ppm，也可施入茶籽饼10ppm～15ppm。
四、由丝状藻类引起的鳃病及其防治
主要有绿藻门和褐藻门的一些丝状藻类。可通过附着影响水流与鳃的交换。
防治方法：
1.降低水体透明度，抑制丝状藻类繁殖。
2.投放清苔净等药物杀灭丝状藻类。
五、由其它生物引起的鳃病及其防治
链壶菌、海壶菌等真菌以及腔肠动物等侵入或附着在鳃部，目前尚无有效治疗方法。