鱼种消毒法大水面养鱼必须在投放鱼种季节选择体格健壮的大规格鱼种，经过药物消毒后方可投放。常用药物有漂白粉、鱼用敌百虫、食盐、亚甲基蓝等，这些药物对鱼体表和鳃部的细菌、寄生虫都有一定的杀灭作用。
饵料消毒法病原体往往随饵料被带入鱼体，所以投喂的饵料必须清洁、新鲜，最好能经过消毒处理。动物性饵料如螺、蚬等要用清水洗净，选取鲜活的个体投喂。植物性饵料如水草、陆草，则应放在6×10-6的漂白粉溶液中浸泡20～30分钟再投喂。施用有机肥培育天然饵料时，应在每1000公斤粪肥中加漂白粉200克，搅拌均匀后再投入水中。
药物挂袋法药物挂袋必须先设置好固定食台，使鱼养成定位吃食的习惯。要定期用药物挂袋（一般每隔20～30天用一个疗程），用漂白粉挂袋，每袋装100克，每天换1次，连续3天；用硫酸铜、硫酸亚铁挂袋，每袋装硫酸铜100克、硫酸亚铁40克，每天换1次，连续3天。药袋应挂在食台周围，每个食台可挂3～6个袋。
投喂药饵法大水面生长的草鱼、青鱼容易患肠炎病，在发病季节（每年5～10月）用二氟沙星进行预防，第一天第一次按吃食鱼体重每10公斤用二氟沙星药粉1克计算，以后每次投量减半，用次面粉等做成黏合剂制成药饵投喂。另外，用大蒜拌草或用食盐浸草喂草鱼，预防传染性疾病效果较好。
中草药防治法中草药可就地采集。马尾松叶可防治草鱼肠炎病和烂鳃病；乌桕叶、大黄根和茎可防治鱼烂鳃病、白头白嘴病；地锦草、铁苋菜可防治草鱼、青鱼肠炎病和烂鳃病；楝树根、茎、叶可防治鱼寄生虫病；土荆芥、贯众可防治鱼毛细线虫病。中草药的根、茎、叶腐烂后又可肥水。
控制施肥法大水面养鱼必须控制人工施肥的数量，过量施用人畜粪，鱼容易感染寄生虫病；过量施用化肥，浮游生物会突然大量繁殖，高温期间容易导致暴发性鱼病的发生。