鱼类病原体疾病与中毒性疾病在本质上存在明显区别，主要体现在以下七个方面：
1.发病范围
病原体疾病通常影响特定品种或规格鱼类，数量较少；中毒性疾病则呈现全池性影响，涉及的鱼类品种和规格范围较广。
2.病理表现
病原体疾病有典型特异性病理反应；急性中毒主要表现为鱼类活动异常。
3.致病因素
病原体疾病可用显微镜观察到寄生虫、细菌等病原体；中毒性疾病无病原体存在。
4.病程特点
病原体导致死亡需数天至两周，呈现零星长期死亡；急性中毒可在30分钟内导致大量死亡。
5.体表特征
病原体疾病病鱼体表常见血斑、脓肿或溃疡；中毒病鱼体表一般无异常。
6.污染来源
中毒性疾病多有明确污染源，如化工厂废水，可通过水质检测确定有毒物质。
7.体型差异
病原体致死鱼体色暗淡、消瘦；中毒致死的鱼体型与健康鱼无明显差异，特别是急性中毒。