鸡衣原体感染的主要症状之一是呼吸系统症状。受感染的鸟类常常出现气喘、咳嗽和呼吸困难等症状。感染病鸟的气管和肺部通常会出现充血、炎症和浆液性分泌物，严重时可能导致气管阻塞和呼吸衰竭。消化系统症状也是鸡衣原体感染的常见表现，感染的鸟类往往食欲减退，消化道功能紊乱，表现为食欲不振、腹泻和黏液便等。感染病鸟的肠道黏膜可能出现炎症和溃疡，导致消化道功能紊乱。此外，鸡衣原体感染还可能引起神经系统症状，如抽搐、瘫痪和不协调运动等。这是由于感染引起的炎症反应影响了鸟类的神经系统功能。最后，感染还可能引起泌尿系统症状，如尿频、尿呈淡黄色或血尿等。感染病鸟的肾脏和泌尿系统可能受到炎症的影响，导致泌尿系统功能异常。