水牛配种不能受孕的原因之一是发情问题。水牛的发情周期较长，一般为18-21天，但有时可能会出现发情不规律或者不发情的情况。这可能与水牛的营养状况、季节变化、环境适应能力等因素有关。如果水牛不能正常发情，就无法确定最佳配种时间，从而导致不能受孕的问题。
水牛配种不能受孕的原因还包括生殖器官问题。水牛的生殖器官包括子宫、卵巢、输卵管等，如果这些器官出现结构异常、发育不良或者受到损伤，就会影响受精卵的着床和胚胎的发育，从而导致不能受孕的情况。此外，水牛还可能受到感染性疾病的影响，如子宫炎、卵巢囊肿等，这些疾病也会导致配种不能受孕。
另外，水牛配种不能受孕的原因还可能与精液质量有关。水牛的雄性动物需要有足够数量和质量的精子，才能成功受孕雌性动物。如果雄性水牛的精子数量不足或者质量不好，就会导致配种不能受孕的情况。这可能与水牛的遗传因素、营养状况、环境适应能力等因素有关。
水牛配种不能受孕的原因还可能与疾病和环境因素有关。水牛可能受到某些疾病的威胁，如传染病、寄生虫感染等，这些疾病会影响水牛的生殖系统功能，从而导致不能受孕。此外，水牛的生活环境也会对其生殖能力产生影响，如营养不良、环境污染等因素都可能导致配种不能受孕。