林下养鸡的主要兽害之一是猛禽。猛禽如老鹰、鹞鹰等以及其他食肉类鸟类会对林下养鸡造成威胁。它们往往会袭击鸡群，将其当作食物捕食，导致鸡只的损失。为了防止这种情况的发生，农户应该采取相应的措施，例如在林下养鸡场地周围建立高大的隔离网，设置防护装置等。
林下养鸡的另一个主要兽害是小型兽类。这些兽类包括松鼠、野猪、狐狸等。它们会钻进林下养鸡场地中，偷食鸡饲料、蛋和幼鸡，造成经济损失。为了避免这种情况的发生，农户可以设置固定的栅栏或电网来防止小型兽类进入养鸡场地。
另外，蛇类也是林下养鸡的主要兽害之一。蛇类对鸡只的威胁主要体现在吞食鸡蛋和幼鸡上。农户可以在林下养鸡的场地周围采取适当的防护措施，例如设置阻挡蛇类进入的障碍物，以减少蛇类对鸡只的威胁。
大型兽类如野猪、熊等也可能成为林下养鸡的主要兽害。它们往往会破坏鸡舍和栅栏，捕食鸡只。为了防止这种情况的发生，农户应该采用更坚固的建筑材料来建设鸡舍，并加固栅栏，以保护鸡只免受大型兽类的侵害。