疫苗接种是最有效的预防猪日本乙型脑炎的方法。猪可以接种疫苗来预防疾病的传播。此外，人类也可以接种疫苗来保护自己免受猪日本乙型脑炎的侵害。
控制蚊虫是重要预防措施。蚊虫是猪日本乙型脑炎病毒的主要传播者，可采取以下方法控制：
清理环境，消灭蚊子的滋生地
安装纱窗、蚊帐等防护设施
使用蚊香、驱蚊液等驱虫产品
保持良好卫生习惯同样重要：
定期清洁猪圈和饲料槽
注意个人卫生，勤洗手、多通风
避免到病毒疫区旅行
