鸡新城疫病在感染鸡体内会引起血液和组织的病变。病毒直接侵害红血细胞，导致贫血、血液循环障碍和凝血功能受损。同时，病毒也会侵害内脏器官，如肝脏、肺部和肾脏，导致器官损伤和功能障碍。病毒感染还会抑制鸡的免疫功能，破坏免疫细胞，使免疫反应受到抑制，增加其他病原体感染的风险。此外，病毒还会导致细胞因子失衡，引发免疫炎症反应，进一步加重病理变化。
鸡新城疫病还对消化系统产生不良影响，引起消化道黏膜炎症和坏死，导致食欲不振、腹泻和营养吸收不良，进而导致体重下降和生长发育受阻。病毒感染还会侵害鸡的中枢神经系统，导致神经炎症和脑组织损伤，引发神经症状，如抽搐、麻痹和行动不协调。