病鸡的甲状腺和垂体会发生明显的萎缩，且明显变硬。甲状腺和垂体是内分泌系统中重要的腺体，影响着机体的内分泌功能，为机体提供免疫保护，因此这一变化会使得机体的免疫功能受到极大的影响。病鸡的肝脏、肺和肠道也会出现变化。肝脏的表面会变得粗糙，肝组织中会出现不同程度的坏死和出血。肺组织则会出现浸润、充血、坏死和炎性反应。而肠道则会出现严重的充血和炎症，严重时会有出血和坏死的情况。病鸡的脾脏也会出现异常变化，明显的肿大和破裂，导致机体免疫功能的下降。脾脏是机体免疫系统的重要器官之一，有着很多重要的生理功能，如贮存、分解和清除老化、损伤和病变的血细胞等。