高原牦牛常见的疾病之一是瘤胃酸中毒。由于高原牦牛适应高海拔地区的特殊环境，其胃内微生物特点与低海拔地区的牲畜有所不同，因此易受到瘤胃酸中毒的困扰。为防治瘤胃酸中毒，饲养者需要合理安排饲料，提供高纤维、低蛋白的饲料，避免粗粮摄入过多，注意与高蛋白饲料的搭配，以减少瘤胃酸的产生。
高原牦牛还容易患上肺炎。高原地区气温低、气候干燥，容易导致牦牛的呼吸道受到感染。为防治肺炎，饲养者需要注意环境卫生，保持牲畜舒适、干燥的饲养环境，避免牦牛受到寒冷和湿度过高的影响。同时，定期进行疫苗接种，加强牦牛的免疫力，减少呼吸道感染的风险。
此外，高原牦牛还容易患上寄生虫感染。由于高山地区的环境条件恶劣，牧草中的寄生虫常常存在，容易感染到牦牛。为防治寄生虫感染，饲养者需要注意定期进行驱虫，保持牦牛身体的健康。此外，及时清理牲畜的粪便，减少寄生虫的滋生和传播。