一、繁殖问题
母牛卵巢囊肿会影响牛的繁殖能力，包括不孕、难孕、流产等问题。牛的周期变长，不可预测，可能出现周期延长、发情不规律、不同程度的闭经等问题。另外，卵泡不成熟，导致不排卵，进一步影响牛的受孕能力。
二、行为问题
母牛卵巢囊肿还会给牛带来一系列行为问题，如牛可能出现不安、不耐受、惊恐、焦虑等情绪。行为异常的牛也可能导致生产效率低下，如进食量减少、体重下降等问题。
三、泌乳量下降
母牛卵巢囊肿会导致牛的泌乳量下降，进而影响牛的产量。由于卵巢囊肿可能引起内分泌失调，牛的产奶量会减少，甚至完全停产。