南方红豆杉属生长缓慢的树种，又是雌雄异株植物，种子结实量小，且种胚后熟休眠期长，存在种子发芽不整齐，发芽率不高等问题。而南方红豆杉近期原料林的发展，是以密集种植的苗期利用为策略，故采取大批量扦插的繁殖方式是实现这一策略的基础。
1插穗
南方红豆杉以幼龄硬枝带叶扦插的方式佳。好的插穗是选用充分木质化的1年生枝和2年生枝；3年生枝也可使用；而用4年生以上的枝条作插穗，其生根能力明显下降，已不宜采用。插穗以用萌生枝好，顶部的侧枝次之。用作插穗的枝条以粗壮者为佳，过于细弱的枝条不宜采用，一般直径低于2mm的枝条就很难操作也不易成活。对插穗长度进行的专门试验结果表明截短至1cm长的插穗，也可生根，而且还出现了3株单叶叶柄生根的植株。南方红豆杉属易扦插生根的树种，长度1cm、3cm、5cm、10cm的插穗，无论生根率及其苗木生长量都随插穗长度的增加而增长。因此，生产中可根据插穗资源量及苗木需求等状况，灵活截取5～20cm长度的枝条做插穗。且较为短小的侧生顶枝都可利用。剪好的穗条，要将入土段的叶子捋除。按级分成50条一捆，以便插前处理及搬运。扦插实行分级扦插、分级管理，是提高成苗率、降低生产成本的重要措施。
2扦插基质
以河砂、珍珠岩、土壤作基质用于南方红豆杉扦插均获得成功，其中以土壤作扦插基质好。高山草甸土、高山针叶林下的棕壤表土、山地红壤、黄壤、黄色赤红壤、菜园土等都可做基质用土，其中以疏松、肥沃的高山草甸土、棕壤表土、菜园土好。可因地制宜选用。在扦插床内铺设上厚度为15cm的基质即可，为此土床整地深度应是20cm。
3插穗和插床处理
于处理前先用75%的可湿性百菌清粉剂600～750倍液浸蘸穗条，甩干后，再蘸浓度为500mg？L-12号ABT生根粉或吲哚丁酸，甩干后即可进行扦插。也可换用多菌灵或25%可湿性粉剂400倍液来进行插穗的消毒。于插插前2～3天用少量生石灰(10g/m2)或高锰酸钾溶液(0.03%)拌入插床进行土壤消毒。
4扦插季节密度及其要点
南方红豆杉全年扦插都有成功实例，但在云南的大多数地区以春插好。若在1～2月整地，春节后采条扦插，至4月初完成。7月以前插条可以生根，于1年后雨季初期出圃，是佳的安排。扦插密度主要根据插穗的大小来选择。实施过的大扦插密度的株行距为2cm×5cm，每666.7m2可插50万条。以4cm×5cm、4cm×6cm为适中的扦插株行距，采此株行距每666.7m2可插25万条和21万条。采取直插，入土深度以能稳固插穗为准，一般入土深度为穗条长度的1/3～1/2。扦插时制作与扦插行距(如5cm、6cm)同宽刻有尺度的模板，于扦插时使用，好按行扦插，以达整齐化的目的。插满一床后，及时浇透水。
5扦插圃设施
遮光棚(网)的作用是为苗床遮光和降温。遮光度要根据各地气候和育苗期间的温度状况而定，遮光度为50%～90%。温棚的作用是增加苗床的温度和湿度。可在各种大的温室，温棚中扦插育苗。以高棚(高2m)、低棚(高0.5m)两种使用多。高棚两端设门，低棚全部封闭，苗床管理时需掀膜作业。灌溉网要能灌能排，不使扦插床积水和过干，好是管道和喷雾灌溉，禁止流水漫灌和浸泡苗床。
6插后管理
温度以稳定为25～30℃佳，温度低于10℃插穗可能不会生根，低于20℃或高30℃要采取措施增温或降温。插床的土壤水分好临近饱和，但不要淹水;空气低的相对湿度应保持在80%以上。中午气温升高时相对湿度会明显下降，如下降到60%以下，应适当喷水(雾)，密闭温棚可长时间保持温棚内的高湿环境，有利于南方红豆杉插条生根。温棚薄膜上有水雾凝结说明棚内湿度高，待无水雾时再浇水。