菖蒲喜阴好湿，从这点讲水养比泥栽为佳，但水养时只能浸根，不可浸叶，好将其置于花阴之中，使其承风受露，又勿使日光曝晒。入夏气候炎热，除有来客观赏外，应将石菖蒲水盆终日置于花阴间，避免炎热消耗养分。
水养好是大块老根，以老根高出泥面蜿蜒如龙行者佳，但不易觅得。零星的小株菖蒲可将之纠结成团，再以棕榈皮包裹放置水盆之中即可，但小株菖蒲根须甚短，成团、包裹均不易，可用漆包线将这些石菖蒲连串成团（注意：不可伤其老根），再在四周用漆包线围上数圈，虽经水浸石压也不易脱散。
