害唐菖蒲病害主要有叶斑病、癌瘟病、十腐病、枯萎病及茎腐病。
1)叶斑病病菌可感染叶及球茎，叶片侵染后产生褐色小斑，以后逐渐扩大，颜色加深，后导致叶片枯萎。球茎被侵染后，长出植株矮小，甚至不开花。
防治方法①实行轮作。病重区域必须轮作以减少致病苗。②球茎处理。球茎收获后应晾干，干燥储存以防腐变，种植前可用50%福美双消毒后，阿行播种。③化学防治。可用75%百菌清800倍液喷洒或用65%代森锌肪治。
2)疮痂病主要为害球茎，有时也为害叶片。球茎感染后产生水渍状圆形病斑，颜色由灰色逐渐加深至黑褐色，病斑边缘凸起，中间凹陷，叶子感染后发生水渍性软腐。
防治方法①抗病栽培。选择高燥通风的环境，注意排水。②进行轮作。保持田间卫生，实行轮作栽培。
3)干腐病该病主要为害叶基部及球茎，感染后叶基呈黄褐色腐烂，然后逐渐出现坚硬的黑色菌核。球茎感染后，初为浅红色，逐渐变成黑褐色，病斑周围分界明显，切开球茎，球茎中维管柬变黑。
防治方法①实行轮作，进行土壤消毒。②清除病源。搞好环境卫生，消除病体。③建免高温高湿。④用健康种球繁殖，从储存、选择上下工夫，避免不健康种球作繁殖用。
4)枯萎病主要发生在球茎上，有时也感染叶和花。球茎发病初期出现红褐色小斑点，以后逐渐扩大并凹陷萎缩，甚至腐烂，然后长出白色丝状体。受害球茎播种后轻者生长不良，开花变形；重者不能萌芽或苗期枯死。
防治方法①球茎双重选择及消毒。收获后选级并去除病球，种球于0.5%福尔马林液浸泡2小时，温水洗净晾干冷藏至下一年春天，播种时进行第二次选择，并用5%多菌灵500倍液消毒后，再行播种。②避免连作。
5)灰霉病常发生存叶及花瓣上，发病初期常出现灰褐色小斑点，以后逐新扩大，井在病斑表面出现灰霉。
防治方法①合理储存球茎，保持环境干燥。②保持栽培环境通风透光，排水良好。③化学防治。用80%代森锌可湿性粉荆500700倍液喷洒。
(2)虫害唐菖蒲虫害较少，主要害虫为花蓟马与蚜虫。
防治万法可用407乐斯本乳油1000～1200倍液防治。也可以对花蓟马埋施铁灭克防治，面对蚜虫常用50%辛琉磷l0001500倍液喷施防治。