药用牡丹在定植后第二年春季一般有70％植株开花结果，第三年春季开始进入盛花期，每株开1-3朵花，第四至第六年春季每株可开5-15朵花，每朵花的果实内有种子30-70粒。7月下旬种子成熟时，采回摊放室内，其厚度以20cm为宜。室内不要过于通风，以保持一定的湿度。若天气过于干燥，宜喷洒少量水，每天翻动1-2次，以免发热，待10-15天后，果实自行裂开，即可除去果壳，收集种子，当年进行秋播。
8月下旬至11月中旬均可播种，以9月中、下旬为最佳播种时期。选择籽粒饱满、黑色光亮的种子进行播种。播种前用45℃温水浸种24小时。一般采用穴播或条播。苗畦宽度以1.3-2m为宜。
穴播行距30cm，株距20cm，穴位呈品字形排列。挖圆穴，穴深约12cm，直径约5cm，穴底要平坦。每穴施入适量的饼肥末、过磷酸钙作为基肥，上覆３cm厚的细土，压实整平。然后每穴下种子20粒左右，种子在穴内应分布均匀，保持相距2-3cm。每亩用种量约150kg。
条播按行距25cm，播幅宽10-20cm，横向开6cm深的播种沟。将种子均匀播入沟内。每亩用种量为100kg左右。
穴播或条播后即行封土，使畦面平整无凹陷，再加盖茅草。第二年2月下旬至3月上旬幼苗即出土生长，两年后可移栽定植。